台電公司早期興建核電廠時，因規劃廠內之用過核子燃料池(溼式貯存)容量有限，不足以容納運轉執照效期40年產生之所有用過核子燃料。因此參照歐、美、日、韓等核能先進國家之作法，於廠區內規劃興建乾式貯存設施，除可提供其運轉40年的貯存需求，亦可使除役工作能順利進行。
核二廠乾式貯存設施之MAGNASTOR貯存護箱系統設計，亦經美國核管會(NRC)核准，依據「核二廠用過核子燃料乾式貯存設施」安全分析報告顯示，該貯存設施的設計不論是遭遇異常狀況、意外事故或假想天然災害時，貯存設施之密封鋼筒結構、熱傳、屏蔽、臨界、密封或輻射防護等設計均能滿足設施的相關法規要求，無放射性物質外釋之虞，可確保環境品質與民眾健康。
核二廠第一期用過核子燃料乾式貯存設施佔地面積0.84公頃，可貯存27組混凝土護箱，每組護箱裝填87束用過核子燃料，廠界輻射劑設計限值，對一般人每年不會超過0.05毫西弗，為我國法規限值0.25毫西弗的五分之一。
核二廠第一期乾式貯存設施外觀示意圖
核二廠第一期乾式貯存設施採用之MAGNASTOR貯存護箱系統，亦是美國核能設備公司NAC International Inc. 考量國際上用過核子燃料中期貯存，貯存設備朝向高容量與高燃耗（Burnup）之趨勢發展，改良原通用式多用途密封鋼筒系統(Universal Multi-Purpose Canister System, UMS®)護箱之輻射劑量及提昇其散熱效能，研發出 MAGNASTOR 系統。
混凝土屏蔽護箱之技術，是將用過核子燃料置入厚度為12.7公釐之不鏽鋼筒，鋼筒內並填充惰性氣體後加以密封，再將密封鋼筒置入混凝土屏蔽護箱。MAGNASTOR 系統於混凝土屏蔽護箱上下設置通風口，將密封鋼筒表面的餘熱，藉空氣自然對流作用移除，完全不需要使用到水來冷卻。另MAGNASTOR 系統於護箱內壁之鋼內襯表面，還設計許多垂直方向的鰭（Fin）狀結構，增加護箱內空氣間隙大小，以提高熱對流效率。藉由不鏽鋼筒以阻絕放射性物質外洩，及混凝土做為屏障，重重防護阻絕輻射，可將環境和居民可能受到的影響降到最低。
乾貯設施具有多層的保護機制，第一層保護機制為將核子燃料二氧化鈾製成高密度陶瓷燃料丸，外層有燃料棒護套將核分裂產生的放射性物質包封，因此用過核子燃料本身即具有安全性的設計。
第二層保護機制為將用過核子燃料放入不鏽鋼筒內，並填充惰性氣體密封，除可以阻絕放射性物質外洩，用過核子燃料的餘熱可由密封鋼筒表面藉由空氣自然對流來移除。
第三層保護機制為將不鏽鋼筒放入環狀的混凝土護箱，以加強輻射屏蔽，維護民眾的安全。
核二廠第一期混凝土屏蔽護箱貯存系統圖
台電公司於104年開始規劃興建中期貯存設施，已於104年8月7日獲原能會核發建造執照。105年2月行政院農業委員會核發「核二廠用過核子燃料中期貯存設施興建計畫」水土保持施工許可證。
台電公司另於104年11月6日依規定陳報送審新北市政府審查「營建工地逕流廢水污染削減計畫」，目前尚在該府審查中，待新北市政府核准及舉辦公開說明會後，即進行後續水保整地等興建工程。
「核能二廠用過核子燃料中期貯存計畫」之「環境影響說明書定稿本」於85年9月經環保署同意備查。惟因本計畫變更與逾3年尚未實施開發行為，台電公司於97年11月再將「環境影響差異分析報告」與「環境現況差異分析及對策檢討報告」(環差報告)陳報環保署審查，並於99年4月7日獲環保署同意備查。
台電公司於107年11月2日再將第二次「環境影響差異分析報告」與「環境現況差異分析及對策檢討報告」(第二次環差報告)陳報環保署審查，並於108年6月11日再獲環保署同意備查。
核二廠乾貯設施規劃作業圖
